Maioritariamente ambientado no Japão rural e filmado em tons sépia, Eureka segue a história de uns jovens rapaz e rapariga que estão num autocarro quando este é sequestrado por um assassino louco. Eles e o motorista são os únicos sobreviventes e fogem juntos. Mas quando tentam voltar às suas vidas normais, o motorista torna-se suspeito de uma série de assassínios e as crianças entram num orfanato. Estes infelizes acontecimentos reúnem de novo os três, e o primo dos órfãos, formando uma família e trabalhando para a reconciliação a partir da experiência partilhada do sequestro.
